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/// <summary>
/// 指定したフォルダにあるサブフォルダをすべて取得する
/// </summary>
/// <param name="DirName">サブフォルダを取得するフォルダパス</param>
/// <param name="Dirs">取得したサブフォルダ</param>
private void GetSubDirectories(string DirName, ref List<string> Dirs)
{
    foreach ( string strDir in System.IO.Directory.GetDirectories(DirName) )
    {
        //リストに追加
        Dirs.Add(strDir);
        //再帰でサブフォルダを取得する
        GetSubDirectories(strDir, ref Dirs);
    }
}

//★★★★★使用例★★★★★

List<string> Folders = new List<string>();

//C:\Work以下のすべてのサブフォルダを取得する
GetSubDirectories(@"C:\Work", ref Folders);