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指定したフォルダ以下のサブフォルダ内にあるファイルを取得するにはDirectoryクラスのGetFilesメソッドを使用します。このとき第3引数にオプションとしてAllDirectoriesを指定します。
//C:\Work以下に*.*のファイルを取得する(サブフォルダすべてが検索対象) string[] strFiles = System.IO.Directory.GetFiles(@"C:\Work","*.*", System.IO.SearchOption.AllDirectories);
//C:\Work以下に*.datのファイルを取得する(サブフォルダすべてが検索対象) string[] strFiles = System.IO.Directory.GetFiles(@"C:\Work","*.dat", System.IO.SearchOption.AllDirectories);