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指定したフォルダのサブフォルダを取得するには、DirectoryクラスのGetDirectoriesメソッドを使用します。
このメソッドでは、サブフォルダ以下のサブフォルダを取得することはできません。
'C:\Work以下のサブフォルダを取得する Dim strFolderPath() As String = System.IO.Directory.GetDirectories("C:\Work")